طفيلي الأميبا الذي يؤثر على الدماغ هو عادة ما يشار إليه باسم "الأميبا الدماغية"، وهي عدوى نادرة ولكن خطيرة تُسببها عادة الأميبا Naegleria fowleri. يمكن لهذا الطفيلي أن يدخل الجسم عبر الأنف عندما يتم السباحة في المياه الملوثة ويسبب التهابًا في الدماغ يعرف بالمتلازمة الأميبية الأولية الدماغية. تُعتبر هذه الحالة نادرة لكنها قد تكون قاتلة إذا لم تُعالج بسرعة